Химические методы борьбы с вредными двукрылыми не всегда дают положительные результаты. Излишне интенсивное и неупорядоченное применение инсектицидов приводит к тому, что человек ^искусственно устраняет чувствительных к применяемому препарату особей и одновременно содействует размножению индивидов, устойчивых к нему. Это объясняется наличием в популяции двукрылых особей, невосприимчивых к яду тех или иных веществ. Известный энтомолог Дж. Георгиу (США) приводит данные об устойчивости к ДДТ, существующей среди комаров анофелесов и домовых мух, причем их невосприимчивость приобретает широкий спектр, включающий различные виды инсектицидов и даже аналоги гормонов роста, которые обычно гибельно влияют на насекомых, вызывая в их организме серьезные нарушения жизнедеятельности. Проблема борьбы с вредными насекомыми, в частности с двукрылыми, принадлежит к числу сложных. Она требует для своего осуществления строгого учета взаимосвязей, существующих в природе.
Необходимо при уничтожении двукрылых принимать во внимание также положительную роль их отдельных групп. Часть двукрылых выполняет роль санитаров, очищая поверхность суши от отбросов, трупов, падали, навоза. Некоторые относятся к ночвообразователям (отчасти личинки долгоножек, ктырей и др.). Личинки многих двукрылых приносят пользу, поедая вредных насекомых или паразитируя на них. Так, например, личинки длиннохо-ботниц, жужжал и саранчеедок Сахарова истребляют саранчу, являясь ее паразитами; личинки обыкновенной зубоножки уничтожают личинок комнатных мух, жигалок и других двукрылых; личинки многих видов тахин являются врагами личинок хрущей, клопов-черепашек, колорадского жука, непарного шелкопряда и др.; личинки журчалок поедают массу капустных тлей, а личинки мух-зеленушек (медетер) уничтожают короедов, проникая в их ходы; мухи-толкунчики, ктыри и зеленушки поедают комариков, мошек и других мелких насекомых и т. д."
В то же время двукрылые, будучи объектами нападения со стороны многочисленных врагов, являются существенным звеном в цепях питания различных животных. К врагам двукрылых прежде всего относятся насекомоядные птицы, особенно ласточки, стрижи, козодои, а из млекопитающих — летучие мыши, из насекомых — стрекозы. В воде личинок и куколок комаров поедают рыбы, личинки стрекоз, водяные клопы и жуки, а также насекомоядное растение — пузырчатка. На торфяных болотах мелких мух, мошек и комаров ловят другие насекомоядные растения — росянка и дирянка. "Установлено, что, например, росянка за 1 ч ловит до 17 комаров.